1、退还超出部分的面积。对于农村宅基地面积超标的农户而言，若是不希望自家被罚款，在宅基地却确权之前，可以将超出的宅基地面积退还给本村集体。
2、超出部分有偿使用。部分地区在试行宅基地有偿使用的政策，当自家宅基地不合法超标时，可以按照宅基地有偿使用的政策要求和标准，去相关部门缴纳一定的费用，至于缴纳费用具体是多少还得视情况而定，一般是超出的面积越多，其需要缴纳的费用自然也会更多。
3、强制收回。其实对于农村宅基地面积超标的处理情况很少有强制收回的情况，但是也部分情况下是会进行强制拆除的，比如建新房却未拆除旧房，强制占有的宅基地，用欺骗手段获得的宅基地等等情况。
4、暂时保留。部分农村宅基地超标其实是不适合拆除的，这时可以通过村集体组织成员的集体会议进行讨论，一般会给予暂时保留的处理方法。

《土地管理法》第十六条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。