特殊病种省外手术的报销流程如下：
1、参保人在辖区内定点医疗机构发生就医购药费用，凭社保卡直接进行结算。
2、参保人在非定点医疗机构或市外定点医疗机构发生的医疗费用由参保人自行垫付，在携带规定资料前往当地社保机构办理报销手续即可。

《社会保险法》第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。