在公平合理的原则下，一般情况下不会扣除工资。
然而，有以下几点需要特别注意:
第一，员工自动离职的情况下，用人单位应当不得任意克扣工资;
但是，第二，若是由于劳动者个人原因导致公司经济受到损失的话，用人单位可以依据劳动合同中的约定要求其赔偿经济损失。
在这种情况下，赔偿金可以从劳动者本人的工资中进行扣除，不过请注意，每月扣除的金额不得超出总工资的20％。
同时，如果扣除后剩下的工资收入已经低于本地最低月工资标准，那么就应该按照最低月工资标准来支付薪水。
需要明确的是，所谓自动离职，即是工作人员根据公司以及自身实际情况主动提出离职申请，并且强制性地结束与公司之间的劳动关系。
其中包括因辞职未获批准或要求解除合同未被接受，而选择直接离职或违约出走的情况。
此外，有些劳动者未曾做出解释就突然离去，还有些人因为优厚福利待遇的诱惑而选择擅自离职或转投他处。
这些都属于自动离职的范畴。
如果用人单位采用暴力、恐吓或是其他非法手段强迫劳动者继续工作，或者用人单位在无视安全规章的前提下，强制命令危险的作业活动，使劳动者面临生命安全风险，此时劳动者自然终止劳动关系且采取自动离职行动的行为，依据相关法律法规，也同样有权向用人单位主张经济补偿的权利。

《中华人民共和国劳动法》
第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《工资支付暂行规定》
第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。