员工擅自离职并非必然会导致扣除薪资，然而职工应承担因其离职给公司带来的经济损失。
根据相关法律法规，劳动者有权提前30天通过书面形式告知用人单位，进而解除劳动合同关系。
在此过程中，劳动者处于试用期的，则须提前3天通知用人单位。
此外，若该劳动者主动提出解除劳动合同，则无需由公司承担任何赔偿责任。
反之，如果劳动者没有按照规定提前告知用人单位而选择立即离职，那么其就有义务向公司进行相应的经济赔偿来弥补因此类行为可能给公司造成的经济损失。

《劳动合同法》第三十七条
劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。