工伤赔付时，通常是不应将医药费扣除的。
具体情况如下：
1.法律依据：《工伤保险条例》有明确规定，治疗工伤的医疗费用以及康复费用等，都在工伤保险基金支付的范围之内。
这是为了保障职工在因工作受伤或患职业病后，能够得到合理的治疗和康复支持。
2.支付范围：工伤保险基金需支付职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗所产生的相关费用。
例如挂号费、诊疗费、住院费、药费等，不过这些费用需要符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录以及工伤保险住院服务标准。
3.特殊情况：若存在不合理用药等情况，相关部门可能会依据规定进行审核和调整。
但一般而言，不会直接将医药费从工伤赔付中扣除。
若职工或单位对此有疑问，可进一步向当地劳动保障部门进行咨询，以确保自身权益得到保障。

案情回顾:

小朱在工作中受伤，治疗花费了一定医药费。单位在进行工伤赔付时，打算扣除小朱的医药费，双方因此产生争议。小朱认为不应扣除，单位则称部分用药不合理。

案情分析:

1、根据《工伤保险条例》，治疗工伤的医疗费用及康复费用等在工伤保险基金支付范围内，正常情况下不应扣除医药费，单位直接扣除缺乏法律依据。
2、即便存在不合理用药情况，也应按规定由相关部门审核调整，而非单位擅自扣除，小朱有权要求单位按照规定进行工伤赔付。