工伤保险发生纠纷应当是通过协商或者是通过诉讼的方式来处理。因工伤保险发生争议,按以下情况分别处理:
1、工伤职工及其家属,在申报工伤和处理工伤保险待遇时与用人单位发生争议的,按照劳动争议处理有关规定办理。
2、工伤职工及其家属或者企业,对劳动行政部门做出的工伤认定和工伤保险经办机构的待遇支付决定不服的,按照行政复议和行政诉讼的有关法律、法规办理。
3、职工对劳动鉴定委员会做出伤残等级结论不服的,可以向当地劳动鉴定委员会办公室申请复查;对复查鉴定结论不服的,可以向上一级劳动鉴定委员会申请重新鉴定。
4、复查鉴定最终结论由省级劳动鉴定机构作出,复查鉴定程序由各省、自治区、直辖市劳动鉴定委员会规定。

《工伤保险条例》第十七条
职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。
用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。