一、以房屋出资入股的税务问题
1、营业税及附加：
对以房地产投资入股，参与接受投资方利润分配，共担分险的，不征营业税，但与投资方不共同承担风险，收取固定利润的要按规定缴纳营业税，税率为5%。
2、企业所得税：
企业所得税上的处理是按公允价销售该房地产确认应纳税所得额来处理，相应的账面价为其成本，年未时进行汇算清缴。
《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》国税发[2000]118号：三、企业以部分非货币性资产投资的所得税处理（一）企业以经营活动的部分非货币性资产对外投资，包括股份公司的法人股东以其经营活动的部分非货币性资产向股份公司配购股票，应在投资交易发生时，将其分解为按公允价值销售有关非货币性资产和投资两项经济业务进行所得税处理，并按法规计算确认资产转让所得或损失。（二）上述资产转让所得如数额较大，在一个纳税年度确认实现缴纳企业所得税确有困难的，报经税务机关批准，可作为递延所得，在投资交易发生当期及随后不超过5个纳税年度内平均摊转到各年度的应纳税所得中。
（三）被投资企业接受的上述非货币性资产，可按经评估确认后的价值确定有关资产的成本。
3、土地增值税：
对以房地产投资，对方不是房地产开发企业的，不征土地增值税。
财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知 财税〔2006〕21号 五、关于以房地产进行投资或联营的征免税问题：对于以房地产作价入股进行投资或联营的,凡所投资、联营的企业从事房地产开发的,或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的,均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]048号)第一条暂免征收土地增值税的规定。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》财税字[1995]48号：一、关于以房地产进行投资、联营的征免税问题：对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。
4、契税：
对以房屋投资入股的行为，要按规定缴纳契税。契税税率为3-５％。
二、以房屋出资入股时需注意的几个问题
房产出资入股是指以房地产作为投入资本成立公司的行为。根据我国《公司法》的规定，成立公司时股东以房屋作价出资是可行的，但在具体操作时应注意以下几个问题：
1．公司应了解该房产的土地使用权的取得方式。如果是以出让的方式取得的，则不存在障碍；若是以划拨方式取得的，则该公司应先报有批准权的政府部门审批，获得批准后再补办土地使用权出让手续，缴纳土地出让金，领取土地使用证。
2．以房地产作价投资应经过评估事务所进行价格评估，而不能由产权人自行定价。
3．在完成拟建公司的工商登记后，应及时办理房地产的产权过户手续，将该房产的所有权转移至新公司的名下。如果产权没有过户，就等于该项注册资金不到位，这样将会损害公司其他股东和公司债权人的利益，并且将受到工商部门的处罚。假如在一定期限内作价出资的房地产无法办理过户手续，作为公司股东有以其他方式补齐注册资本的义务。
三、以房屋出资入股时需以取得房产证为前提条件
《中华人民共和国公司法》第二十七条规定，有限责任公司股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等出资，而该类出资必须是可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产。将财产作价出资的，实际也是一种转让财产的行为，必须依法进行，并符合法律的规定。
在我国，房屋所有权以登记为准，房屋权属证书是权利人拥有、行使权利的合法凭证，具有房屋权属证书是房屋转让的法定条件。《中华人民共和国城市房地产管理法》第三十六条规定：“房地产转让，是指房地产权利人通过买卖、赠予或者其他合法方式将其房地产转移给他人的行为。”第三十七条规定：“下列房地产，不得转让：……(六)未依法登记领取权属证书的：……”《城市房地产转让管理规定》也明确规定未依法登记领取房地产权属证书的房地产不得转让，同时明确规定以房地产作价入股、与他人成立企业法人使房地产权属发生变更的以及以房地产抵债的都属于房地产转让。
根据上述规定，将房屋出资作价入股，均属于房屋转让，都必须依法登记领取房地产权属证书，取得房屋所有权，否则，就违反了法律的规定。