在此情况下，由车辆管理机构来负责处理可能更为妥当。
在对机动车驾驶证的申请及业务办理过程中，倘若发现驾驶员已累计达到了12分的违规积分，他们就应遵循《道路交通安全违法行为处理程序规定》中的相关法规条例，将机动车驾驶证予以暂时扣押，同时，还需及时告知相关人员在接下来的15天内务必接受关于道路交通安全法律、法规以及相关知识技能的再培训和考核。

《道路交通安全法》第一百零九条
当事人逾期不履行行政处罚决定的，作出行政处罚决定的行政机关可以采取下列措施：
（一）到期不缴纳罚款的，每日按罚款数额的百分之三加处罚款；
（二）申请人民法院强制执行。