违章超速百分之五十扣十二分的处理办法是：
1、要在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
2、然后参加道路交通安全法律、法规和相关知识考试。
3、考试合格的，记分予以清除。

《道路交通安全违法行为记分管理办法》第四条
记分达到满分的，机动车驾驶人应当按照本办法规定参加满分学习、考试。第十七条
机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分满12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证，开具强制措施凭证，并送达满分教育通知书，通知机动车驾驶人参加满分学习、考试。临时入境的机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分满12分的，公安机关交通管理部门应当注销其临时机动车驾驶许可，并送达满分教育通知书。