1、犯罪客体不同。交通肇事罪侵犯的客体，是交通运输的安全。以危险方法危害公共安全罪，侵犯的客体是社会公共安全，即不特定多数人的生命、健康或者大量公私财产的安全。
2、客观方面的要求不同。交通肇事罪要求违反交通运输管理法规，并且发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的行为。以危险方法危害公共安全罪在客观方面表现为以其他危险方法危害公共安全的行为。
3、主观方面的故意不同。交通肇事罪的主观方面表现为过失，属于过失犯罪;以危险方法危害公共安全在主观方面表现为故意，属于故意犯罪。
4、犯罪后果的要求不同。交通肇事罪要求有严重危害结果的发生，属于结果犯;以危险方法危害公共安全罪的定罪要求低，只要是行为人所使用的危险方法足以危及到公共安全，即使没有发生严重后果，也可构成本罪，属于危险犯。

《刑法》第一百三十三条
违反交通运输管理法规，因而发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役;交通运输肇事后逃逸或者有其他特别恶劣情节的，处三年以上七年以下有期徒刑;因逃逸致人死亡的，处七年以上有期徒刑。