两个险种的赔偿原则和赔偿顺序不同，交强险实行的是“无过错责任”原则，即无论被保险人是否在交通事故中负有责任，保险公司均在责任限额内予以赔偿。
而商业三者险采取的，则是“保险公司根据被保险人在交通事故中所承担的事故责任，来确定其赔偿责任”。
在赔偿顺序上应先在交强险项下赔付，超出赔付范围的，再由商业三者险进行赔偿。
此外，在商业三者险中设置有免赔率或免赔额等规定，即保险公司对超出免赔率或免赔额的部分才进行赔偿。
在赔偿顺序上应该是先在交强险赔偿下，超额部分再由商业三者险进行赔偿。

《民法典》第一千二百一十三条
机动车发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足部分，由承保机动车商业保险的保险人按照保险合同的约定予以赔偿；仍然不足或者没有投保机动车商业保险的，由侵权人赔偿。