分公司签订合同和总公司在性质上是一样的。分公司签的合同和总公司签的合同在法律性质上完全是一样的，就是说合同的内容只要符合法律规定就受到保护。合同无效的原因不会是因为签合同的主体是分公司，关键是和分公司合作的项目，本来就应该和分公司签合同，分公司有签合同的权利。

《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>若干问题的意见》第四十条
民事诉讼法第四十九条规定的其他组织是指合法成立、有一定的组织机构和财产，但又不具备法人资格的组织，包括：
（1）依法登记领取营业执照的私营独资企业、合伙组织；
（2）依法登记领取营业执照的合伙型联营企业；
（3）依法登记领取我国营业执照的中外合作经营企业、外资企业；
（4）经民政部门核准登记领取社会团体登记证的社会团体；
（5）法人依法设立并领取营业执照的分支机构；
（6）中国人民银行、各专业银行设在各地的分支机构；
（7）中国人民保险公司设在各地的分支机构；
（8）经核准登记领取营业执照的乡镇、街道、村办企业；
（9）符合本条规定条件的其他组织。