一般来说，合同变更协议在其签署之时即刻生效。
在此种情况下，若补充协议的内容与原合同存在不一致甚至相矛盾的情形时，补充协议将被视作具有较高优先权，然而，若原合同已经明确规定了禁止进行任何形式的变更或修改，那么在补充协议中尝试对此条款进行变更将会导致该部分协议条款丧失法律约束力。
此外，当补充协议获得双方当事人签署或是盖上有效印章之后便正式具备实施效力。
然而，对于那些在变更协议中注明了其生效条件或者生效期限的协议，必须要等待这些条件或期限得到满足以后，该协议才能真正生效并开始履行。

《民法典》第五百四十三条
当事人协商一致，可以变更合同。