合同纠纷的诉讼时效期间计算方式如下：
1、有约定履行期限的债权请求权，从期限届满之日的第二天开始起算计算三年。
2、没有履行期限的债权请求权，从债权人主张权利时起算。债权人给对方必要的准备时间的，则从该期限届满之日的第二天开始起算计算三年。
3、附条件的债权请求权，从条件成就开始起算计算三年。
4、附期限的债权请求权，从期限到达时开始起算计算三年。
5、请求他人不作为的债权请求权，应当自义务人违反不作为义务时起算计算三年。
6、因侵权行为而发生的赔偿请求权，从受害人知道或者应当知道其权利被侵害或损害发生时起算计算三年。

《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。