借据代表的是一次交易行为，欠条则代表一种债务结算结果。
如果借条产生纠纷闹上法院，只需要审查借条内容有没有高利贷等不法行为就可以。
如果欠条双方发生纠纷，则需要审查产生债务关系的所有交易行为，如果有类似于赌博等不法行为涉及在内的话，不收法律保护。
在诉讼时效上有一定区别。

《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。