若借款协议书历经三年后失效，即将超越法定的三年诉讼时效期限，则依据《中华人民共和国民法典》第一百九十二条之规定，义务方有权提出不履行义务的抗辩。
这就意味着，若债务人主张诉讼时效已过，他们便可拒绝履行偿还欠款的责任。
然而，若在诉讼时效期限的最后六个月内发生了《中华人民共和国民法典》第一百九十四条所列举的阻碍因素，致使权利人无法行使其请求权，那么诉讼时效将会被暂时停止。
比如来说，倘若权利人由于不可抗力或者其他原因而无法行使请求权，那么诉讼时效将会暂停。
另外，根据《中华人民共和国民法典》第一百九十五条的规定，若权利人在诉讼时效期限内实施了特定行动，譬如向义务人发出履约请求、提起诉讼或者申请仲裁等，那么诉讼时效将会被打断并从中断或相关程序结束之日起重新开始计算。
总的来看，若是借款协议书三年后无效，那么权利人可以尝试通过证明存在诉讼时效暂停或中断的情况以维护自身权益。
若这些情况属实，诉讼时效期限可以得到延长，权利人或许仍然有机会通过法律手段追讨欠款。
但若时效期限已经无可挽回地过期，义务人则可依据法律提出抗辩，此时权利人可能无法通过法律途径追回欠款。

《中华人民共和国民法典》第一百九十二条
诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。
诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。