对于夫妻已经分居长达两年且希望解除婚姻关系的情形，可采取以下两种方式进行处理：
若双方能就相关问题达成共识，便可签署书面形式的离婚协议，并亲自前往民政局申请正式离婚登记。
在此过程中，需经历为期30日的离婚冷静期，待双方均同意后，再次共同前往民政局申领离婚证书。
倘若双方未能就离婚事宜达成一致意见，或其中一方坚决反对离婚，那么另一方可选择向法院提出离婚诉讼请求。
在法院审理案件期间，将充分考虑分居两年这一重要事实以及其他相关因素，以作出是否准许离婚的最终裁决。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。