夫妻双方有两个孩子的，离婚时可以根据以下两种情况来选择不同的程序。
1、协议离婚。
夫妻双方进行协商，按照自愿原则达成对子女抚养等事项的一致意见。
2、诉讼离婚。
向人民法院提起诉讼，由法院判决孩子的抚养权。
没有取得孩子抚养权的一方有权看望孩子，同时还应支付抚养费。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条
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离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。
已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。
子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。