商品房面积差额款项通常会在合同的继续执行过程中予以完善补充，当房屋面积误差比例的绝对数值在百分之三范围之内时，将根据实际测量结果进行房价的结算支付。若房屋面积误差比例的绝对数值超过了百分之三，此时买方选择要求退房的情况下，卖方应归还先前支付的购房款项以及相应的资金利息；而如果买方决定不退房，则需由买方或卖方按照房屋面积误差比例以及双方事先约定的价格进行相应的补充或双倍返还。

《商品房销售管理办法》第二十条按套内建筑面积或者建筑面积计价的，当事人应当在合同中载明合同约定面积与产权登记面积发生误差的处理方式。合同未作约定的，按以下原则处理：（一）面积误差比绝对值在3%以内的，据实结算房价款；（二）面积误差比绝对值超出3%时，买受人有权退房。买受人不退房的，产权登记面积大于合同约定面积时，面积误差比在3%以内部分的房价款由买受人补足；超出3%部分的房价款由房地产开发企业承担，产权归买受人。产权登记面积小于合同约定面积时，面积误差比绝对值在3%以内部分的房价款由房地产开发企业返还买受人；绝对值超出3%部分的房价款由房地产开发企业双倍返还买受人。