商品房买卖协议与备案合同并非同一概念。前者所指为购房交易合同，属于一种商业合同；后者则仅针对购房事宜进行备案记录，仅具备备案登记的法律效力，两者在性质上存在显著区别。
另外，购房合同中的合同编号系通过网络签约系统自动生成，而备案合同的备案号码却需依据缴纳契税费款的具体日期来确立。

《城市商品房预售管理办法》第十条商品房预售，开发企业应当与承购人签订商品房预售合同。开发企业应当自签约之日起30日内，向房地产管理部门和市、县人民政府土地管理部门办理商品房预售合同登记备案手续。房地产管理部门应当积极应用网络信息技术，逐步推行商品房预售合同网上登记备案。商品房预售合同登记备案手续可以委托代理人办理。委托代理人办理的，应当有书面委托书。