针对如何妥善处理施工单位擅自偷工减料的问题，我们建议您将此事上报至上一级相关监管部门以便进行处理（例如向相关业务科室提交审查立案申请）。接下来，上一级相关监管部门将责成其调查小组对此事展开深入细致的调查与检查工作，并根据实际情况收集必要的证据。在完成所有调查、核实和鉴定程序后，调查小组负责人会拟定一份详尽的调查终结报告。
依据我国现行的《中华人民共和国建筑法》第七十四条之规定，任何建筑施工企业在施工过程中若存在偷工减料、使用不合格的建筑材料、建筑构配件以及设备等行为，或有其他未严格按照工程设计图纸或施工技术标准进行施工的行为，均应立即予以纠正，并处以相应的罚款处罚。对于情节特别严重者，还可能被勒令停业整顿，降低资质等级甚至吊销资质证书。如果由此导致建筑工程质量未能达到国家规定的质量标准，则需承担返工、修理的责任，同时对因此而产生的经济损失进行赔偿。对于情节严重且涉嫌违法犯罪的行为，将依法追究其刑事责任。

《建筑法》第七十四条建筑施工企业在施工中偷工减料的，使用不合格的建筑材料、建筑构配件和设备的，或者有其他不按照工程设计图纸或者施工技术标准施工的行为的，责令改正，处以罚款；情节严重的，责令停业整顿，降低资质等级或者吊销资质证书；造成建筑工程质量不符合规定的质量标准的，负责返工、修理，并赔偿因此造成的损失；构成犯罪的，依法追究刑事责任。