关于房屋纠纷超过诉讼时效处理办法有以下几个方面：首先，当事人可以向法院主张其享有不履行法律义务的抗辩权利，然后再交由法院进行详细且全面地审查，以此判断该抗辩理由是否能产生时效中断、时效中止以及时效的延长等相关效果；其次，当争议事项涉及到不动产物权及不动产登记返还等财产问题时，则不论原告诉讼请求的时间如何，都不会受到诉讼时效的限制约束。

《民法典》第一百九十二条诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。第一百九十六条下列请求权不适用诉讼时效的规定：（一）请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；（二）不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产；（三）请求支付抚养费、赡养费或者扶养费；（四）依法不适用诉讼时效的其他请求权。