司法实践当中认定房屋主体结构质量不合格往往是依据鉴定机构对于房屋所做的主体结构鉴定，主体结构必须具备符合技术要求的强度、韧性和稳定性，以确保承受建筑物本身的各种载荷。
如：地基、承重墙等，这些部位出现结构性迸裂、倾斜、坍塌等问题，应当视为主体结构存在问题。
所谓不合格，应指房屋未能通过验收或经核验被认定为不符合质量要求的情形。

《关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第九条规定：因房屋主体结构质量不合格不能交付使用；
或者房屋交付使用后，房屋主体结构质量经核验确属不合格，买受人请求解除合同和赔偿损失的，应予支持。