不可以。根据《经济适用住房管理办法》第二条：“经济适用住房，是指政府提供政策优惠，限定套型面积和销售价格，按照合理标准建设，面向城市低收入住房困难家庭供应，具有保障性质的政策性住房。”可知，经济适用房仅限于居住用途，而注册公司需要商业用途的住房方可申请。