经济适用房主要分为两大类别，第一类包括通过经济适用房管理分配所得的房屋，这类房屋主要源自集资建设或拆迁安置房产，通常被称为二类经济适用房。在进行此类房屋交易时，购买者需要支付相当于售价3％的土地出让金。
第二类为由经济适用房项目立项开发的房屋，该类房屋在拆迁安置之后将不再以原有的性质认定，而将其视为商品房处理。因此，对于源于经济适用房项目的商品房而言，无需缴纳这部分3％的土地出让金。

《经济适用住房管理办法》第三十条
经济适用住房购房人拥有有限产权。
购买经济适用住房不满5年，不得直接上市交易，购房人因特殊原因确需转让经济适用住房的；由政府按照原价格并考虑折旧和物价水平等因素进行回购。
购买经济适用住房满5年，购房人上市转让经济适用住房的，应按照届时同地段普通商品住房与经济适用住房差价的一定比例向政府交纳土地收益等相关价款；具体交纳比例由市、县人民政府确定，政府可优先回购；购房人也可以按照政府所定的标准向政府交纳土地收益等相关价款后，取得完全产权。