依据相关规定，保险公司有权拒绝承担在交通意外中使用自费药物的赔偿义务。保险公司的职责范围分为多个层次，包括了死亡和残疾赔偿上限、医疗费用赔偿上限以及财产损害赔偿上限等等。而当双方当事人依照相关法律法规达成协议，明确约定超出医疗费用赔偿上限的费用将不予理赔时，这种做法也是合法的。

《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十二条
有下列情形之一的，保险公司在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内垫付抢救费用，并有权向致害人追偿：
（一）驾驶人未取得驾驶资格或者醉酒的；
（二）被保险机动车被盗抢期间肇事的；
（三）被保险人故意制造道路交通事故的。
有前款所列情形之一，发生道路交通事故的，造成受害人的财产损失，保险公司不承担赔偿责任。
第二十三条
机动车交通事故责任强制保险在全国范围内实行统一的责任限额。责任限额分为死亡伤残赔偿限额、医疗费用赔偿限额、财产损失赔偿限额以及被保险人在道路交通事故中无责任的赔偿限额。