倘若公司把工程合同扣押着不给予你，你可以参照以下这些办法来处理。
首先，你要主动跟公司的相关负责人进行沟通交流，清楚地向他们表达要求归还合同的意愿，同时也得让他们知晓如果不归还合同可能会引发的法律方面的后果，让他们明白这件事情的严肃性。
要是经过沟通之后没有任何效果，那你就可以向公司的上级管理部门或者工会去反映当前的情况，请求他们给予协助，让他们帮忙督促公司解决这个问题。
公司依然不愿意配合，你就能够依据《民法典》当中关于合同保管以及交付的相关规定，给公司发送一份书面的通知，明确要求公司在特定的期限内把合同归还给你，并且一定要妥善保留好这份通知的相关证据，以备后续可能的需要。
如果公司在规定的期限内还是没有把合同返还回来，那你就可以认真考虑通过法律途径来解决问题了，向有管辖权的法院提起诉讼，要求公司归还工程合同，同时让公司承担相应的违约责任，通过法律的手段来维护自己的合法权益。