工程挂靠与委托代理之间存在以下主要差异性：
第一点，委托合同规定受托人应尽全力完成委托事项且委托事项所产生的重大责任将由委托人担任承担，然而，挂靠协议则明确指出借用人借用经营权所导致的所有不良结果需由借用人自行承担，也就是说，受托人为代理人的身份只为了更好地服务于委托人并完成委托事务，而挂靠人则是在为自身的利益出发，独自完成相关各项事务。
其次，在涉及到付费服务的情况下，受托人并不需要向委托人支付任何额外费用，并且还拥有请求委托人支付合理报酬或者垫付所有相应费用的法律权力；
但对于挂靠人来说，他们必须向被挂靠企业支付一定数额的所谓“管理费”。
最后，委托合同的核心内容是关于如何履行委托事务的具体条款，而挂靠协议的核心内容则是关于建筑资质等级的详细规定。

《最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》第四十三条
个体工商户、个人合伙或私营企业挂靠集体企业并以集体企业的名义从事生产经营活动的，在诉讼中，该个体工商户、个人合伙或私营企业与其挂靠的集体企业为共同诉讼人。