若借款协议中明确载有违约金相关条款，根据我国现行《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规范指引，双方当事人在协商合意的基础上，可以设定特定条件下违约方需要承担的具体违约金金额。
在此种情形下，如果所约定的违约金数额能够充分补偿实际发生的经济损失或者仅略高于实际损失金额范围，通常情况下应尊重关于违约金的原有约定。
反之，若违约金的设定明显超过实际损失的合理范畴，人民法院或者仲裁机关可以依据有效请求作出相应调整，将过高部分予以削减。
尤其值得注意的是，即使违约方按照约定足额缴纳了违约金，也并不代表其无需依约履行应尽义务。
因此，对于借款协议中的违约金条款，理当综合考虑实际情况、原约定设定的违约金金额以及真实发生的经济损失等因素，并结合当事人提出的申请，交由法院或者仲裁机构进行裁量，以确定是否对既有的违约金进行调整。

《中华人民共和国民法典》第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。