关于协议失效后如何作废的问题，需依据具体情形来判断，具体如下：
1.因法定事由失效：当协议因法定事由而失效时，例如合同履行完毕，即双方按照合同约定全面完成了各自的义务；或者合同被撤销，像存在欺诈、胁迫等法定可撤销情形并经法定程序被撤销的。
这种情况下，协议本身已自然失效，通常无需再办理另行的作废手续。
2.因协商一致失效：若协议是双方协商一致后决定使其失效，那么可签订一份解除协议或声明。
在这份声明中，要明确表明双方均同意解除原协议，并且该声明需要双方签字或盖章，自双方完成签字或盖章之日起便生效，以此达到作废原协议的目的。
需强调的是，不同类型的协议在作废时，可能存在不同的法律要求和程序。
若遇到较为复杂的情况，为确保操作符合法律规定，建议咨询专业律师，获取准确的法律建议。

案情回顾:

小朱与小李签订了一份合作协议，后因市场变化，双方想终止协议。小朱认为协议自动失效无需再办手续，小李则主张应签订解除声明，双方就协议失效后如何作废产生争议。

案情分析:

1、若该协议因法定事由失效，比如双方已按协议全面履行完义务，那么协议自然失效，无需另行办理作废手续，小朱的观点有一定合理性。
2、若双方是协商一致决定让协议失效，那么应签订解除协议或声明，且需双方签字或盖章，这样原协议才正式作废，此时小李的主张是正确的。不同协议作废可能有不同要求，复杂情况需咨询律师。