当两家就宅基地有协议，而其中一方却不承认时，可参照以下方法来解决：
一、确认协议效力
要确定协议是否合法有效，这是解决问题的基础。
首先需查看签订协议的双方是否具备相应的民事行为能力，比如是否达到法定年龄、精神状态是否正常等。
同时，要仔细审查协议内容，看其是否违反法律法规的强制性规定。
只有协议合法有效，它才对双方都具有约束力，双方都应当按照协议履行各自的义务。
二、收集证据
收集充分的证据至关重要。
可以收集协议原件，这是最直接的证明材料。
若签订协议时有见证人，其证言也具有一定的证明力。
此外，与协议相关的聊天记录、通话录音等，只要能清晰反映协议的存在及具体内容，都可以作为有力证据。
三、协商解决
尝试与对方再次进行沟通协商。
在沟通时，要明确、清晰地指出协议的有效性以及对方应承担的责任。
通过友好、理性的交流，争取和平解决双方的纠纷，这样既能维护自身权益，又能保持邻里之间的和谐关系。
四、法律途径
若协商无法达成一致，可寻求法律帮助。
可以向当地的人民调解委员会申请调解，借助第三方的力量来化解矛盾。
若调解不成，还可以向人民法院提起诉讼。
法院会依据证据和法律规定，作出公正的裁决，以维护当事人的合法权益。

案情回顾:

小朱与小李就宅基地签订了协议，后小李却不承认该协议。小朱主张协议有效，要求小李履行，小李则否认协议效力，双方产生争议。小朱尝试多种方法来解决此纠纷。

案情分析:

1、确认协议效力方面，需审查签订时双方是否具备民事行为能力，如是否成年、精神状态正常等，还要看协议内容是否违反宅基地相关法律规定，若均符合，则协议有效，对双方有约束力。
2、小朱应收集证据，如协议原件、见证人的证言、相关聊天记录或通话录音等，以证明协议存在及具体内容。
3、小朱可尝试与小李协商，明确指出协议有效性及小李责任，争取和平解决。
4、若协商不成，小朱可向人民调解委员会申请调解，调解不成再向法院起诉，由法院依法裁决。