医疗事故补偿金和赔偿金之间的区别如下：
1、性质不同：
补偿金的性质是补充，赔偿金的性质是惩罚；
2、金额不同：
补偿金的金额较少，赔偿金的金额较多；
3、依据不同：
补偿金没有法律上的责任，赔偿金是因为需要承担法律上的责任而赔偿的。

《医疗事故处理条例》第四十六条
发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；
不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。