发生医疗纠纷后处理程序如下：首先患者及家属向医疗单位或其主管部门投诉提出查处要求，随后医疗单位或其主管部门接到投诉后应立即指派专人妥善保管原始资料封存有关医疗物品并组织医疗行政管理部门展开调查形成调查报告，必要时要报告上级卫生行政部门。

《医疗事故处理条例》第十三条
医务人员在医疗活动中发生或者发现医疗事故、可能引起医疗事故的医疗过失行为或者发生医疗事故争议的，应当立即向所在科室负责人报告，科室负责人应当及时向本医疗机构负责医疗服务质量监控的部门或者专（兼）职人员报告；负责医疗服务质量监控的部门或者专（兼）职人员接到报告后，应当立即进行调查、核实，将有关情况如实向本医疗机构的负责人报告，并向患者通报、解释。
第四十六条
发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。