关于离婚时两个孩子抚养权的归属问题，通常会遵循以下相关原则：
1.协商优先原则：
在处理离婚时两个孩子的抚养权问题时，父母双方首先可以进行协商，共同确定孩子抚养权的分配方式。
这种协商需要充分考虑到孩子的成长需求和利益。
如果双方能够达成一致意见，并且这种安排确实有利于孩子的健康成长，
2.综合判断原则：
若父母双方无法通过协商达成一致，法院就会介入并进行综合判断。
法院会始终以有利于子女身心健康、保障子女合法权益为出发点，同时结合父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况来妥善解决抚养权问题。
一般而言，法院可能会判决父母双方各自抚养一个孩子。
不过，在做出判决时，还会充分考虑孩子的年龄、性别、生活习惯等多方面因素。
例如，对于年幼尚需母乳喂养的子女，从孩子的生理和心理需求出发，原则上会将抚养权判给母亲。
3.特殊情况原则：
如果其中一方存在不适合抚养孩子的特定情形，例如患有严重疾病，可能无法为孩子提供必要的照顾和关爱；或者存在虐待子女的行为，会对孩子的身心健康造成严重伤害等，那么法院在综合考量后，可能会将两个孩子的抚养权都判给另一方。

案情回顾:

小朱和小李离婚，就两个孩子抚养权归属产生争议。小朱主张按自己想法分配，小李不同意，双方无法协商一致。且小朱存在曾虐待子女行为，这成为抚养权归属的突出争议点。

案情分析:

1、双方本可协商确定孩子抚养权分配方式，充分考虑孩子成长需求和利益。但他们未能协商成功，所以无法按协商优先原则解决。
2、因协商无果法院介入，应综合判断。一般会判双方各养一个，但小朱有虐待子女行为，法院会考虑此因素，倾向于不将抚养权判给小朱。
3、鉴于小朱存在不适合抚养孩子的特定情形，按特殊情况原则，法院可能将两个孩子抚养权都判给小李。