变更抚养协议并非一定得通过法院来办理，具体可分为以下两种情况：
一、协议变更
当双方针对子女抚养问题，经过充分沟通和协商后，能够达成一致意见并形成新的抚养协议时，就可以采用这种变更方式。
在实际操作中，双方需要自行签订一份书面的变更抚养协议。
这份协议要详细且明确地约定好变更后的抚养安排，
需要注意的是，该协议的内容必须符合法律规定，不能违反法律的强制性要求，而且必须是双方真实意愿的体现。
只有这样，这份协议才是合法有效的，对双方都具有约束力。
二、诉讼变更
要是双方经过多次协商，仍然无法就子女抚养问题达成一致意见，而其中一方又强烈要求变更子女抚养关系，那么就可以向法院提起诉讼。
法院在接到此类诉讼后，会全面、细致地了解具体情况。
法院在进行判决时，会始终坚持从有利于子女身心健康、充分保障子女合法权益的角度出发。
同时，还会综合考虑父母双方的抚养能力，例如双方的经济收入、居住条件等，以及抚养条件，如是否有足够的时间陪伴子女等因素。
例如，若一方存在虐待子女或者患有严重疾病等明显不利于抚养子女的情形，法院通常会支持另一方变更抚养关系的请求。

案情回顾:

小朱和小李原就子女抚养有协议，后小朱想变更抚养安排，双方先协商，小朱主张子女随自己生活，小李却认为费用承担及探视权条款不合理，协商陷入僵局，小朱遂起诉至法院，要求变更抚养关系。

案情分析:

1、协议变更方面，双方自行协商签订书面协议时，应明确如子女生活安排、费用承担及探视权等内容，且需符合法律规定和体现真实意愿，不然协议无效。
2、诉讼变更方面，法院会从利于子女身心健康、保障其合法权益出发，综合考虑父母抚养能力和条件，若一方有不利于抚养情形，另一方变更请求或获支持。