商品房合同备案纷争常常牵涉到合同签署双方之间所确立的权益及责任分配关系，以及他们与房地产管理机构之间所建立的行政管理关系。在处理这类纠纷时，首要任务是对合同的有效性进行深入审查，以确定双方是否严格按照合同约定履行各自的义务，这其中包括但不仅限于支付购房款项、办理相应的备案手续等等。若有任何一方未能履行其合同义务，那么另一方有权依据合同条款以及相关的法律法规，向违约方提出承担违约责任的要求，例如支付违约金、赔偿经济损失等等。倘若合同备案事宜涉及到行政管理方面的问题，当事人可向房地产管理部门进行查询，了解备案状况；若认为备案存在不当之处，则可依法申请行政复议或者提起行政诉讼。除此之外，当事人还可以选择通过协商、调解或者仲裁等多元化途径来解决纠纷。

《中华人民共和国民法典》第五百零九条
当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
当事人应当遵循诚信原则，合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。