针对小区住户擅自非法拆卸飘窗的行为，该市综合行政执法机构可依法责令其于规定期限内进行彻底修复。然而需要注意的是，飘窗在房屋建设过程中，其墙体通常采用混凝土结构以承担建筑物的主要负荷，因此不得任意拆除。若欲对室内飘窗进行改造或拆除，必须事先征得物业管理公司或原建筑设计单位的明确同意。

《民法典》第二百七十二条业主对其建筑物专有部分享有占有、使用、收益和处分的权利。业主行使权利不得危及建筑物的安全，不得损害其他业主的合法权益。第二百七十三条业主对建筑物专有部分以外的共有部分，享有权利，承担义务；不得以放弃权利为由不履行义务。业主转让建筑物内的住宅、经营性用房，其对共有部分享有的共有和共同管理的权利一并转让。