在处理商店租凭合同纠纷时，可以采取以下几种方式进行有效解决：首先是协商，其次是调解，此外还包括申请仲裁和向当地人民法院起诉等途径。当涉及到房屋租赁问题并产生矛盾纠纷时，当事人双方应首先依据合同中预先约定的仲裁条例，向适当的仲裁机构提出书面仲裁申请以期妥善解决租赁合同纠纷。然而，若存在某些租赁纠纷无法通过调解或者对调解结果不满，且未能就仲裁事宜达成共识的情况下，当事人可依法将相关房屋租赁纠纷提交至当地人民法院进行审理裁决。

《中华人民共和国民事诉讼法》第九十九条调解达成协议，必须双方自愿，不得强迫。调解协议的内容不得违反法律规定。《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条起诉必须符合下列条件：(一)原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织;(二)有明确的被告;(三)有具体的诉讼请求和事实、理由;(四)属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。