合同被确认无效后，为平衡双方的利益，在合同无效后果的处理上，要全面考虑农村房屋买卖合同无效对双方当事人的利益影响；
尤其是出卖人因土地增值、拆迁、补偿所获利益，以及买受人因房屋现值和原房屋买卖价格的差异造成的损失两方面因素，平衡买卖双方的利益。
对于购房人已经翻建，装修、扩建房屋，使房屋增值部分，应对购房人的投入进行补偿。
此外，让购房人返还、腾退房屋的同时，应当注意为购房人留出合理的腾退时间，购房人无房居住的，应当予以妥善安置。

《土地管理法》第四十八条规定，收农用地以外的其他土地、地上附着物和青苗等的补偿标准，由省、自治区、直辖市制定。
对其中的农村村民住宅，应当按照先补偿后搬迁、居住条件有改善的原则，尊重农村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者货币补偿等方式给予公平、合理的补偿；
并对因征收造成的搬迁、临时安置等费用予以补偿，保障农村村民居住的权利和合法的住房财产权益。