零申报企业跟一般公司的注销流程一样。
注销流程如下：
1、成立清算组。
2、展开清算工作。
清算组自成立之日起接管公司，开展以下业务：接管公司财产、了结公司未了业务、收取债权、清理债务、分配剩馀财产、注销公司法人资格并吊销营业执照。
3、通知债权人申报债权。
4、提出清算方案。
清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，拟定提出清算方案，报股东会讨论通过或者主管机关确认。清算方案的主要内容有：清算费用、应支付的职工工资和劳动保险费、应缴纳的税款、清偿公司债务、分配剩馀财产、终结清算工作。
在清算进行完以后，才能进行注销。

《公司法》第一百八十八条
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。