金融机构破产清算程序是：
1、向国务院金融监督管理机构申请破产通过之后，向法院提出破产清算申请；
2、法院立案受理后，发布公告通知已知的债权人，债权人申报债权，召开债权人会议，成立清算组，清算资产；
3、按照顺序清偿破产费用和债务。

《中华人民共和国企业破产法》第七条债务人有本法第二条规定的情形，可以向人民法院提出重整、和解或者破产清算申请。
债务人不能清偿到期债务，债权人可以向人民法院提出对债务人进行重整或者破产清算的申请。
企业法人已解散但未清算或者未清算完毕，资产不足以清偿债务的，依法负有清算责任的人应当向人民法院申请破产清算。