若当事人之间存在着恶意串通之行为，以诉讼、和解等形式侵犯了他人的合法权益，人民法院应依据相关法律法规，坚决驳回他们的主张，同时视情节轻重，给予罚款、拘留等严厉制裁；
若情节严重者，甚至可能触犯刑法，面临刑事责任的追究。
在处理恶意提起的借款合同纠纷案件中，倘若发现当事人之间存在恶意串通，意图借助诉讼手段侵犯他人合法权益的行为，法院应依照法律规定，坚决驳回其诉讼请求。
如若情节恶劣，法院还可依据法律规定，对当事人施以罚款、拘留等严厉惩处措施；
若构成犯罪事实，则必须依法追究其刑事责任。
因此，对于恶意提起的借款合同纠纷案件的处理，法院应对当事人的恶意串通行为进行深入调查，并依法作出相应的处理决定。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十五条
当事人之间恶意串通，企图通过诉讼、调解等方式侵害国家利益、社会公共利益或者他人合法权益的，人民法院应当驳回其请求，并根据情节轻重予以罚款、拘留；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
当事人单方捏造民事案件基本事实，向人民法院提起诉讼，企图侵害国家利益、社会公共利益或者他人合法权益的，适用前款规定。