传染病菌种扩散罪的量刑标准，主要规定为：
1、一般情况下，造成严重的后果，会判处三年以下有期徒刑或拘役；
2、如果是造成了特别严重的后果，会判处三年至七年有期徒刑。
传染病菌种扩散罪，是指从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种的人，违反有关规定，造成传染病菌种扩散，后果严重的行为，构成的犯罪。

《刑法》第三百三十一条
从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，后果严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。