在处理故意伤人案件中，即使当事人双方达成了和解协议，是否需要进行刑事惩罚仍然取决于多个复杂因素的综合考量。
例如，若故意伤害行为所导致的损害结果较为轻微，如属于轻伤等级之下，并且犯罪嫌疑人能够展现出良好的悔过态度，并通过积极地支付相应赔偿以获得被害人的谅解，那么他有可能得到检察机构不予起诉或者由法院判决暂时监禁等相对轻微的刑罚。
然而，倘若该故意伤害行为导致了更为严重的后果（如重伤乃至死亡），即便当事人双方达成了和解协议，一般情况下仍需接受刑事制裁，只不过在量刑过程中，和解这一情节将作为从轻处罚的考虑要素之一。
因此，和解仅仅是量刑考虑中的一环，并非决定是否对案件进行刑事惩罚的唯一标准。
在做出最终判决时，司法机构还需结合犯罪的性质、手段以及对社会产生的危害程度等多重因素进行全面评估。
总而言之，尽管和解协议有可能在一定程度上减轻刑罚，但并不意味着可以完全豁免刑事责任。