员工侵占公款如何起诉要看侵占财产数额有多少。如果在5000元以上的话，涉嫌职务侵占罪，原则上不需要单位起诉，直接报警后由公安机关立案侦查，移交检察院提起公诉就可以；如果是5000元以下的话，还不构成犯罪，属于民事纠纷，用人单位可以向法院提起民事诉讼，要求员工返还侵占的财物。起诉需要去当地的法院提交起诉状，证人证言等证据材料即可。

《最高人民检察院、公安部关于经济犯罪案件追诉标准的规定》第七十五条
公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额在五千元至一万元以上的，应予追诉。