对于年仅13岁的少年犯下的强奸罪行，由于他尚未到达应负刑事责任的法定年龄，所以无需承担相应的刑事责任。
然而，司法机关将会责成其父母或其他监护主体依法履行监护职责，并对该未成年人施以严格管教。
在必要的情况下，依照相关法规的规定，为其提供针对性的专门矫治教育。
这主要是鉴于13岁这个年龄阶段，未成年人身心发展尚处于未成熟状态，在心智及认知能力方面都无法达到成年人的水平。
因此，法律在对待未成年人犯罪问题时，更多地注重对犯罪者的教育和矫正工作。

《中华人民共和国刑法》第十七条
【刑事责任年龄】已满十六周岁的人犯罪，应当负刑事责任。
已满十四周岁不满十六周岁的人，犯故意杀人、故意伤害致人重伤或者死亡、强奸、抢劫、贩卖毒品、放火、爆炸、投放危险物质罪的，应当负刑事责任。
已满十二周岁不满十四周岁的人，犯故意杀人、故意伤害罪，致人死亡或者以特别残忍手段致人重伤造成严重残疾，情节恶劣，经最高人民检察院核准追诉的，应当负刑事责任。
对依照前三款规定追究刑事责任的不满十八周岁的人，应当从轻或者减轻处罚。
因不满十六周岁不予刑事处罚的，责令其父母或者其他监护人加以管教；在必要的时候，依法进行专门矫治教育。