关于拆迁违建房屋纠纷的处理方式，以下为您详细介绍：
一、确认违建认定的合法性
在处理拆迁违建房屋纠纷时，首要任务是仔细审查违建认定是否符合法律规定及法定程序。
相关部门在认定违建时，需遵循一系列严谨的程序。
例如，要进行深入的调查，全面了解房屋建设的具体情况，包括建设时间、用途等；在作出认定前，应明确告知当事人相关权利和认定依据；对于一些重大或存在争议的违建认定，还需举行听证，充分听取当事人的陈述和申辩。
若相关部门在认定过程中，未严格按照这些程序操作，那么该违建认定很可能是无效的。
二、协商解决
拆迁方与被拆迁方可以针对补偿等关键问题展开协商。
即便房屋被认定为违建，在某些特定情况下，双方通过友好协商，若能就补偿金额、安置方式等达成一致意见，便可签订相关协议，从而妥善解决纠纷。
三、行政复议或行政诉讼
若被拆迁人对违建认定结果或者拆迁行为存在异议且不服，可依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
通过法律途径，要求相关部门重新对违建认定进行审查，或者确认拆迁行为违法，以此来维护自身的合法权益。

案情回顾:

小朱的房屋面临拆迁，相关部门认定其房屋为违建。小朱认为认定程序不合法，自己房屋有历史遗留情况应获补偿，双方就补偿问题产生争议，小朱对违建认定及拆迁行为不服。

案情分析:

1、关于违建认定合法性，若相关部门未按规定进行深入调查、未明确告知小朱权利和认定依据、未举行必要听证等，该违建认定可能无效。
2、协商方面，若小朱房屋因历史遗留有特殊情况，拆迁方与小朱应就补偿等协商，若能达成一致可签协议解决纠纷。
3、若协商不成，小朱可通过行政复议或行政诉讼，要求重新审查违建认定或确认拆迁行为违法，维护自身权益。