当商业医疗保险的理赔申请遭拒时，通常涉及以下几个主要因素：
首先，在保险等待期内出现意外风险事故，保险公司予以拒赔。与其他类型的商业保险产品，如重大疾病保险相同，商业医疗保险也存在一定的等待期。在此期间，若不幸遭遇保险责任范围内的风险事件，大部分保险公司将依据相关条款进行拒赔处理。
其次，若所发生的医疗费用未达到免赔额标准，保险公司亦不会承担相应的理赔责任。相较于普通保险产品，医疗保险通常设有免赔额的设定。
再次，对于投保人过去已有的疾病或症状，保险公司通常不予理赔。这一点与重大疾病保险的理赔原则颇为相似。在投保商业医疗保险时，保险合同中通常会特别注明“首次罹患合同约定的疾病”。因此，若保险公司经调查发现投保人并非首次患有该类疾病，则有权根据合同条款拒绝理赔。
最后，若患者就诊或使用药物未遵循合同约定的条件，保险公司亦可能拒绝支付相应的理赔款项。商业医疗保险通常对患者就医及治疗的医院、治疗方式以及用药等方面做出明确规定。

《保险法》第二十四条保险人依照本法第二十三条的规定作出核定后，对不属于保险责任的，应当自作出核定之日起三日内向被保险人或者受益人发出拒绝赔偿或者拒绝给付保险金通知书，并说明理由。