对于所涉及到的合作协议纠纷问题，可以采以下几种方式进行妥善解决：
一是通过双方谈判协商的方式来解决；
二是在无法直接协商解决的情况下，寻求第三方介入进行调解以求得共识；
三是选择申请仲裁的方式：如果当事人不愿意通过协商或调解的方式解决争议，或者经过协商和调解后仍然未能达成一致意见，那么他们可以根据合作协议中所规定的仲裁条款，或者在事发之后双方共同签署的书面仲裁协议，向相关的仲裁机构提出仲裁申请。
四是采取法律诉讼的途径：若在合作协议中并未明确规定仲裁条款，且事后也未能就此达成书面仲裁协议的话，那么当事人便可向当地的人民法院提起诉讼，请求法院对此进行裁决。

《民法典》第二百三十三条
物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。