员工被扣发绩效工资能否申请劳动仲裁，须视情形而定。
若企业所作的绩效工资扣除缺乏合法性依据，抑或违背了劳动合同之规定，则员工有权提起劳动仲裁。
通常而言，建议员工首先尝试与企业进行和解谈判，如无法达成共识，可选择转向劳动仲裁途径。
在评估企业扣除绩效工资行为是否合法时，需关注企业是否具备明确的绩效考核体系，且该体系是否经由合法程序制定并向全体员工公布。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。